Durante un tiempo y mientras las Atarazanas de Valencia iban siendo restauradas para albergar los fondos, una parte de la colección permaneció instalada en uno de los bajos de las Torres de Serranos, que también fue cerrado. Después de terminada la restauración de las Atarazanas, un edificio gótico de alto valor patrimonial, elemento arquitectónico clave del Marítimo y único vestigio de que Valencia fue uno de los puertos poderosos del Mediterráneo, la colección fue instalada en sus naves. Sin embargo, con la llega del PP al Ayuntamiento de Valencia la colección fue siendo abandonada. Hasta llegó a desaparecer una maqueta de la colección que fue silenciada por el Gobierno, mientras en otras muchas de ellas aparecían restos de carcoma. Las vitrinas mostraban desperfectos sin que nadie hiciera nada por adecentar su aspecto. Así hasta que el gobierno municipal fue arrinconando y reduciendo la colección en el interior del edificio hasta su total desaparición. No se dieron explicaciones y sí promesas de que el museo Marítimo no desaparecería definitivamente. Sin embargo, dos lustros dan respuesta del interés municipal por una colección que, curiosamente, aún promociona en sus propias webs turísticas y aparece inventariada en las redes de museos valencianos.
Ni la celebración de la Copa América sirvió para revitalizar el Museo Marítimo, aunque recientemente la actual responsable de la delegación de Cultura, Maria Irene Beneyto sí afirmaba ante una pregunta socialista que en 2014 Valencia habría Museo de la Marina si no es completo, al menos temporal.
